Identificar nuevos genes que contribuyen a la secuenciación integrada de Oxom y el riesgo de esclerosis sistémica de aprendizaje automático

Los científicos de la Facultad de Medicina de Bayler e instituciones asociadas utilizaron enfoques complementarios que integran la secuenciación de ansiedad y la máquina de acción evolutiva, que es una enfermedad autoinmune grave con razones genéticas complejas, para identificar sus mecanismos afiliados en los cambios de proteínas y la esclerosis sistémica (SSC).

Los investigadores publicaron sus estudios "Identifique el jean de la vía de Micb e interferón como contribuyentes en secuencia de ADOM excéntrica integrada y riesgo de SSC de aprendizaje automáticoEn Historia de enfermedades reumáticas,

Se han identificado muchos contribuyentes genéticos, pero otros son desconocidos, que han interrumpido el desarrollo de remedios específicos. Los estudios previos de asociación de genoma de todo el genoma (GWAS) que analiza la frecuencia de las variantes genéticas comunes reflejan los contribuyentes genéticos más fuertes ubicados en la región del antígeno de leucocitos humanos (HLA) en el cromosoma seis.

En este estudio, los investigadores dirigidos por el primer autor Shamika Katekar, PHD, realizaron GWA utilizando 2,559 casos de pacientes con SSC y 893 casos de control sano utilizando datos de secuenciación de ansiedad en el Registro de la Familia de Scleroderma y el Apositorio de ADN en el Centro de Ciencias de la Salud de Texas en Houston. Su objetivo es encontrar novedosas jean y variantes raras que contribuyan al riesgo de SSC.

"Lo que realmente nos sorprendió y nos animó TalentoEl HLA actúa independientemente de un genes ubicados dentro de la región, pero los genes HLA clásicos. Talento La primera esclerosis sistémica no fue implicada, y su identidad representa un nuevo contribuyente genético y un objetivo terapéutico potencial ", dijo Ketkar, dijo, el profesor molecular y asistente de genética molecular y humana en Beelers.

Cambio de proteína mito de milin asociado con una señalización nerviosa deteriorada en la enfermedad de Alzheimer

Asociados en España repetidas conclusiones

Ally en España repitió los hallazgos utilizando datos europeos de GWAS ya publicados, incluidos unos 10,000 casos, lo que fortaleció aún más la importancia de las conclusiones. En Boiler, Olivier Latchterz, MD, Laboratorio de PhD utilizó su estructura evolutiva de aprendizaje de máquinas de acción (EAML) para analizar los datos de secuenciación de ansiedad y los genes preferidos con variantes de SSC de alta afectación.

Los resultados una vez más indicaron TalentoTambién como otros genes en el cromosoma seis Muesca Y en la señalización de interferón (una ruta importante en el sistema inmune) variantes raras de la Sra. En genes enriquecidos Ifi44l Y Ifit5,

"Con nuestro marco de aprendizaje automático, no solo estamos reconociendo si una versión suele ser una versión, sino también que utilizando datos evolutivos en todas las especies, estamos sopesando la posibilidad de que las variantes sean proteínas y, finalmente, el paciente es disruptivo funcional", icónico, silla kullen y género genético molecular y humano, bioquímismo y cólico según. "Anteriormente usamos este método en enfermedades con conjuntos de datos del genoma muy grande, como la enfermedad y la enfermedad cardíaca de Alzheimer, y en este estudio, mostramos que puede ser efectivo en enfermedades complejas con un conjunto de datos de pacientes pequeños".

Impacto funcional

Para comprender los efectos funcionales de las variantes genéticas, conocidos en el estudio, los investigadores integraron datos de secuenciación de ARN de células individuales disponibles públicamente de la biopsia de la piel SSC para resolver los patrones de expresión de los genes de riesgo específicos del tipo de célula. También analizó la característica cuantitativa de expresión Lokas (EQTL) utilizando el conjunto de datos de sangre completo para instalar enlaces regulatorios entre variantes asociadas con la enfermedad y la transcripción.

Talento Y Muesca Expresado en fibroblastos y células endoteliales, dos tipos de células que desempeñan papeles centrales en fibrosis y vasculopatía, las principales características clínicas de SSC. Estos análisis complementarios confirmaron los efectos regulatorios funcionales de los genes de riesgo identificados.

"Para resolver enfermedades complejas como SSC, necesitamos combinar diversos enfoques y aprendizaje automático para buscar objetivos ocultos para el tratamiento para el análisis de grandes conjuntos de datos de ADN, ARN y proteínas", el mismo escritor Brendon Lee, MD, PhD, profesor, Kursi y Robert y Jennis McConnaire describieron el Kushi y Jennis McConer.

Otros autores que contribuyen a este trabajo están asociados con una de las siguientes instituciones: la Facultad de Medicina Beiral, la Facultad de Medicina McGawn en Youthland Houston, Instituto de Parasitología y Biomedicina López-Neera y Regenon Pharmaceuticals.