La propuesta subraya ecosistemas abiertos para reutilizar los datos de simulación molecular y hacer A-Reddy

Hay más de cien expertos en simulación molecular. Publicado Un artículo en el diario Métodos de la naturaleza Llame para un cambio de paradigma en la gestión de datos de la dinámica molecular.

Bajo el liderazgo de Modesto Orozco, profesor de la Universidad de Barcelona, ​​y experto Hospital Adam, Biomedicine (IRB Barcelona), dirigido por ambos miembros del Instituto de Investigación de la Biomedicina (IRB Barcelona) propone construir y reutilizar datos en el contexto de la revolución que representa la inteligencia artificial.

En particular, el artículo aboga por mejorar el uso de sus principios posteriores (buscados, accesibles, diferencia, diferencia, reutilizables) para mejorar su uso posterior como fuente de información sobre la calificación competitiva y la flexibilidad de la biomacromolécula.

La simulación computacional se ha convertido en una herramienta importante para estudiar el comportamiento del biomolaculio con el tiempo. Gracias a la supercomputadora, Molecular Dynamics (MD) hace que estos procesos sean posibles para inspeccionar con gran precisión y en el diseño de la investigación básica y la biomolécula, proporciona un nuevo conocimiento de interés en ambos medicamentos a los medicamentos.

A diferencia de la biología estructural o la genómica (desorganizaciones en las que es una práctica común almacenar y compartir datos bajo estándares normales, en el campo de la simulación molecular, estos datos permanecen fragmentados. Además, a menudo se olvidan en las computadoras individuales, lo que obstruye la copia de cálculo y evita su uso posterior.

Esto crea un problema importante en la integración de datos en biología estructural y flujos de trabajo de biofígica, y ralentiza el desarrollo de métodos de inteligencia artificial, cuya capacitación depende de grandes cantidades de datos dinámicos.

Reutilización en lugar de repetir

Diseñe un ecosistema abierto y duradero que multiplique los efectos de estos datos y evite la repetición innecesaria, el objetivo del nuevo artículo, firmado por más de cien investigadores internacionales líderes, incluidos varios ganadores del Premio Nobel en Química. El autor solicita que el cambio de modelos aplique principios justos, lo que garantiza que los resultados de la simulación de datos sean buscados, accesibles, intermedios y reutilizables.

"La comunidad tiene a lo largo de los años que una simulación era fácil de repetir y era más barata que almacenarla. Pero ya no es cierto", ya no es cierto ", Profesor de Facultad de Facultad de UB, Coordinador del Proyecto Europeo MDDB, principal de la compañía de modelado molecular y biotecnología de biotecnología y biotechnología para la biotechnología de la compañía biotechnología.

El investigador dijo en el hospital: "El conocimiento que podemos obtener es enorme: nos permite identificar nuevas metas, entrenar algoritmos de inteligencia artificial o diseñar nuevos experimentos". Orozco y los hospitales lideran el proyecto Europeo MDDB, destinado a establecer una base de datos centralizada y accesible para la simulación.

Lección de otras áreas

La propuesta se inspira en el éxito de otras áreas que han adoptado la ciencia abierta. Los bancos de datos de proteínas, que han recopilado estructuras tridimensionales de biomaccromoléculas desde la década de 1970, han jugado un importante solo rol para revelar la función de las proteínas y los ácidos nucleicos, permitiendo la revolución de "Omix" y proporcionando un enfoque holístico de las células, más bien en fármacos, vacunas y desarrollo.

Los datos recopilados fueron la clave para capacitar a Alffold 2, que fue reconocido con un Premio Nobel de Química 2024. Los autores argumentan que complementar estos datos estructurales con información dinámica abrirá una nueva área, cuya capacidad de desarrollo es difícil de entender.

Según los autores del artículo, ha llegado el momento de la comunidad de simulación molecular que adoptan comunidades estructurales y "Omix" similares, no solo preservando datos, sino que también estandarizan los formularios de archivos, metadatos y normas de calidad. La lección explica cómo los nodos y herramientas de acceso compartido de infraestructura federada pueden hacer posible esta colección Planeta-Me.

Más allá del almacenamiento

Presentado en el artículo publicado en el enfoque Métodos de la naturaleza Solo los datos van más allá del almacenamiento. Aboga por un modelo integrado: desde la documentación precisa de la simulación (incluidas las condiciones, el software, los parámetros, etc.), para su análisis automático, verificación y reutilización a través de técnicas de aprendizaje automático.

"El valor de estas cifras no termina con un documento o publicación de su presentación en una conferencia. A menudo, es solo el comienzo", es la conclusión del Dr. Orozco. "Deberíamos considerar los datos como un recurso común para la ciencia".

El artículo está diseñado en la estructura del Proyecto Europeo MDDB (Molecular Dynamics Data Bank) coordinado por IRB Barcelona, ​​cuyo objetivo es construir una base de datos abierta y estandarizada para almacenar una simulación molecular dinámica. El consorcio reúne los principales centros de investigación en bio -INFORMA, simulación y análisis de datos para avanzar hacia una ciencia más abierta, reproductiva y colaborativa.