Los mapas de células humanas destacan la visión del cáncer de hueso pediátrico

Uno de los objetivos finales de la investigación biológica es comprender la organización multiescala de las células humanas y el trabajo biológico y la relación de la enfermedad humana. La mayor parte de la estructura celular permanece no deseada, con un largo interés en desarrollar estrategias para asignar sistemáticamente esta arquitectura.

En un nuevo estudio publicado en Naturaleza Tema, "Mapas de células multimodales como base para la genómica estructural y funcional ",", ", Investigadores de la Universidad de California (UC), San Diego, han creado un mapa global de arquitectura del subcontratista Por más de 5,000 proteínas en Células de osteosarcoma U2OS, que están asociadas con tumores óseos pediátricos. El trabajo fue una cooperación con RESOCHES en la Universidad de Stanford, la Facultad de Medicina de Harvard y la Universidad de Columbia Británica.

El estudio presentó una multimodal a gran escala Tubería de mapeo de celdas, que Extrajo a imágenes de microscopio de alta resolución e interacción bioficial de proteínas para aplicaciones extensas en genómica estructural y funcional. Además, se utilizó un modelo de lenguaje grande, similar al GPT-4, CHATGPT, para recurrir al vasto conocimiento de la literatura científica para informar el anote funcional del mapa celular humano.

"Conocemos cada proteína que están presentes en nuestras células, pero cómo encajan, luego para completar la función de una célula, todavía hay en gran medida desconocido en los tipos de células", dijo el artículo del documento y un erudito de investigación postdotoral en la Facultad de Medicina de la UC San Diego, Lih Sheffer.

Los resultados detectaron tareas para 975 proteínas, cuyo papel se desconocía anteriormente, incluido C18orf21, que se demostró que unía el procesamiento de ARN, y la proteína DPP9, que se implicó en la señalización de interferón, que era una función importante que combatía la infección.

Además, estudiar En el cáncer infantil, a menudo se identifican 21 asambleas legislativas. Dentro de estos grupos, se encontró que 102 proteínas mutadas estaban fuertemente asociadas con el desarrollo del cáncer.

"Necesitamos dejar de mirar los niveles de diferentes mutaciones, que son muy raras, esporádicas y casi nunca se recurren el doble de la misma manera, y comienzan a ver la maquinaria general dentro de estas mutaciones o células secuestradas", la bandeja IDEKAR, PhD, compañero de trabajo y co-worker y co-construcción de medicamentos y coordinación de fármacos y profesor y profesor.

Según Emma Lundberg, PhD, otro escritor de correlación de papel y Profesor asociado de bioinización y patología en la Universidad de StanfordLos científicos históricamente sesgados por la percepción de que "un código genético para una proteína que tiene una función". Sin embargo, hay un número creciente de proteínas multiculturales que se subestiman.

"TéSu estudio refleja la importancia de la integración de datos multimodales para revelar estas propiedades multicributos ", dijo Lundberg.

Describe Shefer navegando Mapa celular de U2OS Similar a navegar un mapa geográfico en línea. "Realmente puede averiguar, acercarse y ver que las proteínas son parte de estas diversas comunidades, y luego ver dónde se encuentran esas comunidades", dijo. Según el equipo, aumentar la resolución del mapa es un objetivo continuo.

tomados en conjunto, Los investigadores declararon que el Atlas de células U2OS no solo facilitará la comprensión del cáncer infantil, sino que también proporcionará a los científicos para mapear otros tipos de células, usar herramientas de inteligencia artificial para resaltar el funcionamiento de las proteínas deficientes y comprender el mecanismo detrás de los diferentes tipos de procesos de la enfermedad.