Plex Research se asocia con Ginkgo Bayovarks para aplicar el motor de búsqueda basado en IA para el descubrimiento de fármacos

Anunció que está asociado con un servicio de Gingko Biown, Gingko Bioorks, para usar la plataforma de inteligencia artificial de por favor, para analizar el conjunto de datos GDPX2, cuatro tipos de celdas primarias humanas, 85 remedios integrales, 85 remedios integrales y cuatro para analizar DataSet GDPX2, para analizar el DataSet GDPX2. El último lanzamiento de una gran encuesta de transcriptómica de Splets. Los tipos de células utilizados en el conjunto de datos son melanocitos humanos, células de músculo liso aórtico, fibroblastos dérmicos y mioblastos del músculo esquelético. Los datos, que tienen un tamaño de cuatro terabytes, se produjeron utilizando sitios de fármacos, un ensayo de transcriptómica corto de lanzamiento ultra alto.

Los socios han planeado usar la plataforma PLEX AI para encontrar nuevas conexiones entre drogas y enfermedades, que están acompañadas de un ojo para encontrar oportunidades para el renacimiento de las drogas y agregar el cuerpo de conocimiento sobre la eficacia y la seguridad de los medicamentos. Hablar con alguien General Durante la Conferencia Mundial Bio-IT de este año en Boston, que tuvo lugar del 2 al 4 de abril, El cofundador de Douglas Cellinger, PhD, CEO y Plex Research dijo que las parejas no se centraron en áreas de enfermedad específicas como oncología o enfermedad neurodinativa. Principalmente, el objetivo es mostrar la ventaja de usar la plataforma del Plex para "prosperidad" del conjunto de datos GDPX2 y extraer ideas significativas de sus datos. El análisis puede aclarar los nuevos usos para los medicamentos existentes, por ejemplo, o resaltar las mejores formas de forzar a los pacientes.

Entrenado como biólogo molecular, la bodega estableció la investigación de Plex en 2017. Está interesado en los métodos computacionales para sus estudios de doctorado en la Universidad de Harvard en la Iglesia George, Laboratorio de PhD. En ese momento, Microere era una nueva tecnología y Celimer publicó algunos artículos iniciales. Describiendo enfoques experimentales y computacionales para el análisis transcripcional de masa. "Obtuvimos muchos datos, y no había software para analizarlo o ningún buen software", explicó. Más tarde se mudó a Novartis, donde pasó 14 años trabajando en la búsqueda de drogas, incluidos experimentos de perfiles transcripcionales de alto tripoot.

Mientras estaba allí, comenzó a pensar en la reproducción de algoritmos utilizados por motores de búsqueda como Google para encontrar una página web para su uso con datos biológicos sin procesar e incluso creó un sistema prototipo que transmiten transmitir transmitidos. Celimzer dejó a Novartis para lanzar una investigación de Plex y crear una nueva plataforma basada en ideas similares para el descubrimiento de la biología química y el conjunto de datos Omics.

Es importante destacar que el objetivo de PLEX es el conjunto de datos sin procesar,La plataforma de la compañía aprovecha la información de otras fuentes, como publicaciones científicas, junto con la base de datos biológica. "No se trata solo de descubrir qué había en los documentos o el texto de patentes, que la mayoría de las personas piensan cuando dicen que piensan en la literatura científica", dijo Selinger. General En bio-it. La mayoría de los documentos presentan una pequeña multarrate de datos que los científicos generaron y usaron para sus estudios. Él dijo: "Generamos todos estos conjuntos de big data ... miles de mediciones de genes (que no) se mencionan en cualquier parte del documento", dijo. El resultado se envía a millones de puntos de datos para complementar los archivos.

"Obtenemos mucho de las fuentes de los tipos de tipos que recopilan muchas otras fuentes de datos. También cavamos en estudios personales que creemos que son particularmente importantes (y) los mejoraremos y, a veces, los agregaremos nuevamente y luego las agregaremos y luego las involucramos", explicó el Celizer.

La reducción de la plataforma AI de la compañía es una técnica de gráfico focal patentado y un modelo de lenguaje grande. Los datos se representan como un gráfico de conocimiento que se puede mostrar en una estructura de búsqueda de una variedad de conjuntos de datos. Los usuarios pueden ejecutar consultas para encontrar un vínculo novedoso entre proteínas, ruta génica y medicamentos. El sistema clasifica los objetivos de drogas propuestos y proporciona datos de apoyo detallados para devolver sus reacciones. "No estás prediciendo los objetivos", enfatizó el sótro. "Está identificando estos nuevos hallazgos ... y proporcionando datos experimentales que respalden el descubrimiento y de dónde provienen los detalles (y) de cómo se generaron estos datos".

Además de la información disponible públicamente, la compañía también puede incluir el conjunto de datos de propiedad en su plataforma y tener en cuenta esa información al seleccionar posibles objetivos. "El modelo de datos es un gráfico (con) nodos y bordes" que muestra cómo los compuestos, objetivos, rutas, biomarcadores y más están conectados, dijo. Él dijo: "Seguramente" en la elección, la aportación científica es poner qué nodos y a qué lados ", dijo. Pero el modelo de datos es increíblemente simple. ,

Además, la plataforma es muy específica. "Podemos ir al conjunto de datos de Ginkgo y decir que 'ha tratado con este compuesto ... y hemos recopilado datos sobre cómo reaccionan las células a ese compuesto", explicaron. "Ahora estamos entrando en (conjunto de datos públicos) y decir:" ¿Dónde hemos visto ese patrón antes? "Algunos de ellos, ya sabes, un patrón que esperamos.

El PLEX ha proporcionado su plataforma a más de 40 compañías, incluidas varias compañías farmacéuticas importantes. Hasta ahora, los clientes han usado la plataforma PLEX para ejecutar la raya en una amplia gama de modelos de drogas. El acuerdo con Ginkgo es diferente. Los socios planean incluir el conjunto de datos de Ginkgo DataPoints, que se han hecho público en la plataforma Plex. "Tienen la capacidad de generar datos sorprendentes, y tenemos una manera de crear una comprensión de esos datos", dijo Celinger. También planean publicar un documento que también muestra el valor de los datos junto con el enfoque de análisis utilizado.

Además de su asociación con Ginkgo, Plex también trabaja con instituciones educativas. Recientemente, la compañía fue publicada Una preextinción Con científicos de la Facultad de Medicina de Harvard que describen el uso de gráficos de conocimiento y modelos de idiomas grandes en la búsqueda de medicina.