¿Social o de la línea germinal? Precisión de perfil tumoral

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El perfil genómico preciso es necesario para personalizar las decisiones clínicas y las recomendaciones de tratamiento. La secuenciación de la caval de tumores ha sido adoptada por varios laboratorios para guiar enfoques de oncología precisos; Sin embargo, un rango importante de este enfoque es la incapacidad de distinguir las verdaderas mutaciones físicas de las variantes Gerline con certeza. Se estima que puede haber cambios de falsificación de germinación hasta un tercio de mutación identificada a través de la secuenciación de la caval de tumores, incluidos los genes procesables.¹

La secuenciación tumoral normalizada es una estrategia efectiva que incluye un análisis acoplado de muestras tumorales y una muestra común de la misma persona.^{1- 4} Cuando las variantes presentes en la muestra normal se usan como filtros contra muestras de tumores, las variantes específicas del tumor pueden identificarse con altos niveles de confianza. Las variantes que se encuentran en frecuencias bajas en muestras normales pueden clasificarse firmemente como positividad incorrecta si no son ricas en tumores.

Si bien la función más importante de la secuenciación tumoral-normal coincidente es identificar y mantener mutaciones somáticas, también proporciona otras funciones importantes. Esto incluye:

• Variabilidad de la muestra y reducir el falso positivo debido a los artefactos de secuenciación

Las muestras pueden demostrar variabilidad debido a factores como efectos ambientales, procesos biológicos y manejo de muestras. La secuenciación normal de los tumores apareados proporciona una línea base subyacente de ruido de fondo generado a partir de estos factores, o a partir de la introducción de artefactos de secuenciación, que se pueden filtrar.

En el caso de muestras de ambas de formalina (FFPE) fijadas con formalina, el ADN extraído a menudo se fragmenta y es de menos calidad que las muestras de tejido fresco. La secuenciación tumoral-normal coincidente proporciona una comparación que ayuda a separar los cambios verdaderos del ruido que surge de la erosión del ADN, aumentando la sensibilidad.

• La hematopoisis clonal de la capacidad incierta (ChIP) reduce la falsa positividad

El ADN libre de células (CFDNA) obtenido de muestras de biopsia líquida incluye ADN de células tumorales, así como una cantidad significativa de ADN de los glóbulos blancos. En muchos individuos, especialmente aquellos que son grandes, estas fenotípicamente tienen mutaciones adquiridas en células sanguíneas normales que aumentan la frecuencia relativa debido a la expansión clonal posterior. Estas variantes de chip a menudo pueden ocurrir en genes similares asociados con el cáncer de sangre como la leucemia. Sin embargo, cuando indican el creciente riesgo de cultivar cáncer de sangre en el futuro, es poco probable que sean relevantes para el análisis de tumores.

La secuenciación como control normal coincide con los glóbulos blancos, que pueden separar con éxito mutaciones somáticas que ejecutan tumorgenis de la mutación física que surge del proceso normal de hematopoyesis clonal.⁴ Tanto ESMO como AMP especifican las recomendaciones de que el ADNc coincide con la secuenciación de glóbulos blancos para interpretar las variantes físicas en la prueba.^5,6

• Análisis de variantes de germen de golpes

La capacidad de distinguir entre las variantes somáticas y germinales tiene una ventaja adicional del análisis de implicaciones adicionales para el análisis de los gérmenes, lo que son implicaciones adicionales para la atención clínica de un paciente, especialmente al proporcionar información sobre el riesgo de enfermedad futura, que se puede manejar en parte a través del monitoreo, así como para las pruebas de los miembros de la familia.

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Referencia

1. Jones, S, et al. Traducción de ciencia realizada. 2015. 7 (283): 283RA53.
2. Mandelkar, D, y Sehan-Barsoy, O. Cáncer de tendencia. 2020; 6 (1): 31-39.
3. Cheng, DT, et al. J Diagnóstico de Mol. 2015; 17 (3): 251–264.
4. Brann, AR, et al. Comuné de nueces. 2021; 12: 3770
5. Pascal, J, et al. Ann Oncol. 2022; 33 (8): 750-768.
6. Lockwood, CM, et al. J Diagnóstico de Mol. 2023; 25 (12): 876-897.