Tecnología protómica del flujo nómico a 1,000 plexos

Incluso los aficionados a la genómica más moribundo pueden aceptar que los protorámicos están sucediendo en un momento: los investigadores están haciendo más preguntas basadas en proteínas para resaltar una nueva biología.

Por ejemplo, Annie Carpenter, PhD, directora senior de plataforma de imágenes y científico del Instituto en Broad Institute, dijo General Que toda su carrera se dedica a hacer preguntas: "¿Podemos pinar todos los genómicos con toda genómica?" Porque, dijo, la acción en la celda se está llevando a cabo a nivel de protorámica. A su vez, con este entusiasmo, nuevas técnicas para permitir más proteómica.

Quizás los desarrolladores de las nuevas tecnologías de protómica podrían ver este momento. Por ejemplo, la tecnología que subraya el ensayo proteómico de Nomic Bio se desarrolló hace una década, cuando los estudiantes de PhD, PhD, Bio-Fundador y CEO de Nomic. Dagar tenía experiencia en ingeniería eléctrica y estaba emocionado de trabajar en nanotecnología; Estaba trabajando en el primer amplificador de radio en Karbonn Nanotub cuando su plan cambió. Conoció al profesor David Junkar en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Universidad McGill, quien influyó en la importancia de Dagar de medir las proteínas y los desafíos en el espacio. Y aprobado, en particular, se centró en resolver el problema de la reactividad cruzada en las inmunos multiplex.

Después de desarrollar Nelisa parakh juntos, junto con otros miembros del laboratorio, el Nomic BIO-2019 con sede en Montreal para proporcionar un servicio de protorámica del Laboratorio de Junkar en 2019, un modelo que la compañía aún adopta. Nelisa parakh dijo, como explicó Dagar, "muchos componentes familiares para esto": una inmunosa sandwich basada en anticuerpos y una lectura de citometría de flujo (no FACS). Entonces, puede parecer familiar. Pero Dagar rápidamente declaró que es "fundamentalmente diferente".

Una diferencia es que cada par de anticuerpos es previa a la octava que ocurre en su cuenta. Mientras mezcla los anticuerpos, Dagar dijo: "El mundo de los problemas" lidera. Para mantenerse fuera de problemas, los anticuerpos de captura y detección se estabilizan simultáneamente. Esta idea, dijo la compañía, para reducir la reactividad cruzada. Otra distinción es la citometría de flujo, no la secuenciación. Dagar dijo que es más calificado de costos y flexible, pero supone que parece "extraño", especialmente para aquellos en el espacio de secuenciación.

Antes de que comience el ensayo, el sándwich de anticuerpos se carga en una cuenta codificada por colores. Los anticuerpos de detección son cónicos utilizando un revestimiento de ADN flexible. La muestra se agrega y la unirá si se reconoce la proteína. Para detectar, el ensayo utiliza un método de desplazamiento. El ADN oligo está marcado con fluorescente, que desplaza y los anticuerpos de detección de etiquetas. Si no hay objetivo, los anticuerpos se desplazan y se lavan.

Se utilizan dos colores en el sistema: el oligo desplazado tiene un tinte de detección, que se usa para lecturas. Se usa para determinar la presencia (y la concentración) de proteína en Bead. Además, cada cuentas está codificada por colores utilizando un conjunto de colores.

Para el código de barras, el Nomic mezcla cuatro colores en diferentes niveles de intensidad para crear un código de cuatro DAI que se puede decodificar y leer en el citómetro. Cuatro tintes se mezclan en diferentes niveles en cada cordón, lo que proporciona el código para esa cuenta y permite 3.000 código de barras que se pueden leer en un citómetro de flujo regular. Los tintes de cuatro colores se decodifican primero para determinar la identidad de esa proteína, y luego se puede determinar la proteína.

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Desde su lanzamiento en 2018, ha ofrecido la capacidad de detectar cientos de proteínas. En particular, un panel inflamatorio con aproximadamente 280 proteínas. Pero ahora, la compañía está comenzando nuevas ofertas. Primero, uno (no Castomisible) 1,000 PLEX PANEL-OMNIPLEX 1000. Dagher declaró que el costo de este servicio es tan bajo como $ 50 por muestra, y el tiempo de respuesta es tan bajo como una semana.

Otras nuevas ofertas incluyen un panel cardiometabólico de 288 proteínas (tomadas de 1,000) y un panel personalizado de hasta 288 proteínas, que se toma de 1,000.

Swagatam Mukhopadhyay, PhD, CIO y CO -fundador en Bio de Crayon, utilizó tecnología para apoyar su fármaco N -1 -1 en el que insertó un paciente con TNPO2. Ellos dijeron General "El equipo de Nomic Bio pudo proporcionar datos sin procesar en un formato, con el que podría trabajar fácilmente, permitiéndome hacer mi análisis, un muy buen complemento para lo que hicieron". Una característica adicional de su ensayo, dijo, es en realidad una pequeña cantidad de material requerido para ejecutar el ensayo. Él dijo: "Dado que la cantidad de LCR clínico disponible para el estudio era extremadamente limitada, sabiendo que no necesitábamos mucho para hacer nuestro análisis", dijo.

Carpenter también trabajó con Nomic en dos proyectos a gran escala (ambos nominados en donaciones). Una seguridad integrada (OASIS) es el OMIX para evaluar la firma del consorcio, que está trabajando para desarrollar sistemas no versos. Su misión, Carpenter dijo GeneralEs para tratar de averiguar si se desarrollan pinturas celulares (tallas tecnológicas), la transcriptómica y la protómica pueden usarse para predecir la toxicidad del hígado. El grupo prueba cada compuesto: aproximadamente 1,500, varios sistemas celulares causan toxicidad hepática, incluidos los orenoides. Preguntó: "¿Alguna combinación de modelos y lecturas predice la toxicidad del hígado que es mejor que los animales?" El grupo acaba de comenzar con el trabajo de protección, y es solo una placa piloto con nominación.

Carpenter trabajó con el primer nomic en otro proyecto de masa: el consorcio de pintura de jump-célula. El proyecto tiene como objetivo crear un gran conjunto de datos basado en imágenes de genética y perturbaciones de drogas. El carpintero estaba emocionado porque nunca pensó que podríamos incluir protoomics a escala decente. ,

Nomic está entrando en un mercado congestionado rápido. Pero Dagar siente que el momento es correcto. Dijo que la protorámica está hoy, dijo, donde NGS y la genómica son desde el punto de vista de la adopción de mercados, no hay ningún lugar. Pero una cosa para recordar es que la mayoría de los científicos están mirando en protoomics, dijo. No pueden soportar los gastos de protósicos o pensar que es muy complejo.

Pero nunca ha habido un momento, dijo, cuando la importancia de la protómica ha sido un sentimiento fuerte. "Creo que todos saben lo importante que es agregar protoomics a nuestra pila de datos de información biológica".