Xaira Therapeutics libera las mayores perturbaciones para dar poder a la celda virtual

Desde el desarrollador de drogas de inteligencia artificial (IA) Xaira Therapeutics lanzada en abril de 2024 Committed capital and a star-staded leadership lineup, $ 1 billion of a jaw as well as David Baker, PhD, University of Chemistry 2024 Nobel Larate and University of Washington/HHMI Investigator, Caroline Bartoji, PhD, 2022 Nobel Lauret, Stanford University, Skotford University, SCTTFORT, SCOT, SCOT, SCOTT, SCOTT, SCOTT, SCOTT, SCOTT, SCOTT, SCOTT, Scott, Scott, Scott, Scot, Scott, Scott, Scott, Scott, Scot, Scot, Scot. Johnson & Johnson, y más, el campo ha esperado ansiosamente resultados científicos de exitucencial.

AI Unicorn ha causado su primer año al emitir un regalo a la comunidad de celdas virtuales: el conjunto de datos de perturbarbarb-sik más grande disponible, que se llama llamado X-ATALAS/ORION, Para preguntar cómo reaccionan las células en condiciones externas, como la intervención médica, a gran escala.

La compañía se declara en la primera preimpresión, ex atlas/orion Hecho de ocho millones de células, dirigida a todos los genes que codifican proteínas humanas, con una secuenciación profunda de más de 16,000 identificadores moleculares únicos (UMI) por célula. Es preimpresión Publicado en biorxiv Y el colega aún no ha sido revisado.

Mientras que los investigadores vieron tradicionalmente la caída del gen PectARB-CIC como un interruptor "en" o "apagado", el método de Zaira proporciona un avance para detectar los efectos genéticos que dependen de la dosis para exponer cómo la actividad génica cambia con la intensidad de una intervención dada. Por ejemplo, las aplicaciones incluyen la definición de la prohibición de porcentaje precisa, sobre la cual un objetivo farmacológico produce un efecto médico deseado.

El conjunto de datos se introdujo simultáneamente de Xaira, una técnica escalable diseñada para la generación de datos a gran escala, la plataforma Perturb-seq fix-Craeopressv-Sciencec (FICS) en la plataforma Perturb-Seq.

Para promover la cooperación dentro de la comunidad de células virtuales, el X-ATALAS/Orion estará disponible públicamente para la comunidad de biotecnología bajo una licencia no comercial. Xaira está abierta para discutir la cooperación de datos con instituciones comerciales que expresan interés.

Cuando ponemos ese conjunto de datos en manos de otros investigadores computacionales, estamos entusiasmados de ver qué tipo de modelos nuevos pueden encontrar la arquitectura y el enfoque ", Ci Chu, PhD, vicepresidente de descubrimiento temprano en Xara y autor principal de Preyints están en una entrevista. Borde general.

El CEO Mark Tesier-Lavigne, PhD, anteriormente dirigido por CSO de la Universidad de Stanford y CSO de Gennentac, es sitios en Seattle y San Francisco de Zaira. Además de la construcción de células virtuales, la inicio está buscando diseñar fármacos basados ​​en proteínas. Se informa que la mayor parte de la tecnología de Xaira se obtiene de la Universidad para el diseño de proteínas de la Universidad de Washington, encabezada por el cofundador y ganador del Premio Nobel, David Baker, PhD en la química de 2024.

Además de Xaira, los cofundadores incluyen los dos mayores capitalistas de riesgo de Biotech, Bob Nelson de Arch Venture Partners y Week Bajaj, PhD, Forite Labs, una incubadora afiliada a la capital de la rehabilitación. Otros inversores incluyen F-Prime Capital, NEA, Sikoia Capital, Lux Capital, Lightspeed Venture Partners, Menlo Ventures, a Sigma Ventures y SV Angel.

Más allá de los comentarios

Si bien los enfoques de búsqueda tradicionales de drogas tempranas se limitan a las apuestas en un puñado de genes de la literatura, los modelos de células virtuales de alto rendimiento tienen la capacidad de arriesgar efectos biológicos no deseados antes de estar en la tubería de búsqueda.

Muchos modelos de células virtuales están entrenados en datos de observación, como CZ Celaxgine De la iniciativa Chan Zuckerberg (CZI), que se basa principalmente en donantes humanos sanos. Si bien los datos de observación son poderosos para algunas funciones de investigación biológica, como la anotación del tipo de célula, disminuyen en la predicción de cómo reaccionan las células a las perturbaciones, como el tratamiento con un fármaco.

En Perturb-seq, la medición de la eficiencia de eliminación de genes debido a la estocracia y la escasez del conjunto de datos de una sola célula ha sido históricamente desafiante. Para abordar esta diferencia, los investigadores de Xaira mostraron que el ARN de guía única (SGRNA) es abundancia Por células por célula, detectadas y expresadas en cientos de copias, proporciona un proxy confiable para una rareza entre la medición de una sola célula y cómo se suprime un gen.

Xaira aprovechará la última tarifa de la compañía, Bow Wang, PhD, para hacer su propio modelo de celda virtual en coordinación con X-Atlas/Orion. Jefe de SVP y Biomedical AI, quien se unió al equipo en abril. Un famoso especialista en IA en la Universidad de Toronto, Wang es conocido como Inventor SCGPTUn modelo de base para múltiples múltiples de células individuales con capacidades aguas abajo, incluida la anotación de tipo celular, la predicción de la reacción de perturbaciones y las estimaciones de la red de genes.

Xaira es una de las muchas instituciones que producen células virtuales. En abril, Czi lanzó Transcriptformer, Un modelo de IA común que examina la biología celular en especies con aplicaciones médicas, como el interrogatorio de propiedades relacionadas con la traducción entre humanos y organismos modelo. De manera concurrente, investigadores ARC Institute anunció una asociación con 10X Genomics y Ultima Genomics ARC Virtual Cell para crear Atlas.

Viaje a largo plazo

El uso de X-ATALAS/Orion del genoma puede ser extremadamente intensivo en el tiempo. Puede tomar más de 10 horas desde la clasificación para enriquecer las células de alta calidad. Al liberar los métodos de X-ATALAS/Orion, Xaira tiene como objetivo permitir que más laboratorios generen datos de alteraciones de alta calidad y estandarizados basados ​​en escala-CIR. Los laboratorios individuales también tendrán la capacidad de probar hipótesis específicas con datos de masa.

Chu dice que qué tipos de datos son los más útiles para la creación del modelo de biología de la Fundación requieren un pensamiento colectivo. X-ATALAS/Orion es un suplemento para el repositorio público existente para datos de una sola celda, como ARC Institute scbasecount, Para apoyar la cooperación entre el campo celular virtual.

"Estamos en los primeros días de la venta virtual interactuada con IA. Será un viaje a largo plazo para toda la comunidad", enfatizó Chu durante una entrevista. Borde general.

Emma Lundberg, PhD, profesora asociada de la Universidad de Stanford y codirectora de proteínas humanas Atlas, con sede en el KTH Royal Institute of Technology en Estocolmo, dijo,,, dijo,,,, dijo,,. Edad del gen Él cree firmemente en la ciencia abierta y se complace en ver a Xaira liberando públicamente un gran conjunto de datos de tarta de perturbación. Ella enfatiza que los grupos de todo el mundo están tratando de crear modelos de células virtuales operadas AI, que son capaces de simular el comportamiento celular.

"Para crear un modelo fuerte de cualquier sistema, los datos de perturbación son importantes, y el exclusivo conjunto de datos X-ATALAS/Orion hace una contribución significativa a la comunidad científica", dijo Lundberg.

Cariño, buena suerte, PhD, Investigador Core y de Investigación del Centro de Tecnología Computacional en el Instituto ARC, Las personas que explotan toda la capacidad de la celda virtual requieren perturbaciones en las escalas que ninguna organización única puede generar sola.

"Está alentando a las empresas de la tecnología a fabricar plataformas para mega escalas y generaciones de datos de escala giga y a que estos recursos estén disponibles públicamente", dijo Good Luck. Borde general. "Este conjunto de datos ofrece recursos adecuados para el modelo de fundación de capacitación en toda la comunidad".

La buena suerte también dijo que el próximo desafío es construir el modelo AI que pueda normalizar más allá de las dos líneas celulares de cáncer descritas. X-ATALAS/preimpresión de Orian, Con esta línea, Chu dijo que el equipo está trabajando para expandir la generación de datos en la venta de STEM pluripotente inspirada (IPSC) y In vivo Modelo.

Juntos, Chu dijo que ha estado trabajando en genómica funcional durante algún tiempo, pero nunca es fácil escalar el trabajo que trabaja a pequeña escala.

Él dijo: "Estoy muy feliz de que el equipo haya trabajado para industrializar todas las etapas para que sea un proceso realmente escalable". "No puedo esperar para ver qué hará la gente, ambas hacia la IA, pero también hacia la generación. Estoy seguro de que también inspirará nuestro propio trabajo".