La huella QTL muestra cómo las variantes no codificantes interrumpen la unión de TF, el riesgo de enfermedades en el hígado

La nueva visión de las variantes genéticas en las áreas no codificantes del genoma puede contribuir al riesgo de la enfermedad al interrumpir la unión de unión (TF). La característica cuantitativa del selector puede convertirse en una herramienta poderosa para identificar variantes regulatorias no solo en el hígado, sino en los tejidos.

Recientemente en colaboración entre los hijos de los hijos de Filadelfia y la Medicina Pen, los investigadores identificaron 809 FPQTL utilizando un método de alta resolución, que combina ATAC-SKS con aprendizaje profundo para detectar cambios de interacción de ADN-proteína en la precisión del pagador base. sus estudios "Característico"Publicado en American Journal of Human Genetics,

El regulador del genoma decodificó la "materia oscura"

Mientras que los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) han vinculado miles de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) con síntomas y enfermedades complejas, más del 90% de estas variantes llegan a áreas no codificantes. Estas áreas se consideran una "materia oscura" genómica, ahora conocida por la expresión genuina para controlar la expresión génica.

Sin embargo, identificar lo que es funcionalmente importante sigue siendo un desafío debido a la desigualdad de enlace y la falta de datos funcionales directos.

Estas variantes de no codificación a menudo se enriquecen en campos regulatorios con motivos de unión al factor de transcripción. Este patrón sugiere que la unión de TF obstruida puede ser un mecanismo principal que puede causar el riesgo de la enfermedad, dijeron los autores. En otras palabras, si una variante cambia la secuencia de ADN, donde un TF generalmente se une, este gen puede eliminar la expresión, de alguna manera que puede contribuir a la enfermedad. Los investigadores sugieren que el factor de transcripción en los sitios de unión muestra la promoción de variantes no codificantes de que estas variantes pueden aumentar sus efectos al volver a agregar argumentos regulatorios de la expresión génica, no cambiando la proteína.

Cómo la IA está evitando el objetivo de drogas más desafiante de la droga

INTRODUCCIÓN FUERTA QTLS: una nueva estrategia de mapeo

Para detectar esta relación regulatoria, los investigadores aplicaron un método basado en ATAC-SIC para revelar estas áreas de genomas de bajo apoyo. Después del ATAC-sik, los investigadores usaron impresiones, un enfoque basado en el aprendizaje profundo que detecta las "huellas" de TF al identificar áreas de ADN, donde el TFS TFS unido previene la inserción de transposes TN5. Este enfoque de huella permite a los investigadores estimar dónde y cómo TFS se une firmemente sin la necesidad de conocer la identidad de TF de antemano.

En 170 muestras de hígado humano, el equipo escaneó áreas de cromatina abierta para uniones entre genotipos SNP y posibilidades de unión a TF, finalmente identificó 809 FPQTL importantes. Estos sitios de inicio de la transcripción FPQTL y los picos de CIC de chips conocidos eran muy ricos cerca. Es importante destacar que muchos FPQTL se han superpuesto con los EQTL y GWAS Loki para los síntomas hepáticos, incluidos los niveles totales de colesterol y enzimas hepáticas.

En comparación con los enfoques tradicionales de QTL o GWAS, FPKTEL ofrece la capacidad de las variantes reguladoras de mapa fina con relevancia clínica. Además, existen beneficios prácticos de la huella de ATAC-CIC, incluidos los costos y más uniformidad técnica, así como una entrada de muestra más pequeña en comparación con el chip-sea.

mirando hacia el futuro

Al extender este enfoque a órganos y enfermedades adicionales, los investigadores pueden construir mapas regulatorios específicos de tejido que conectan la variación no codificante con el sistema de enfermedades y eventualmente, con objetivos médicos. Dado que el campo de la biotecnología continúa adoptando la genómica funcional, los FPQTL, en colaboración con métodos de enseñanza profunda, pueden representar un puente prometedor entre los estudios de asociación y la biología procesable.